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발굴방법은 발굴대상 유적의 규모와 성격에 따라 발굴기간, 발굴경비, 발굴조사단 구성, 발굴방법 등이 달라질 수 있기 때문에 발굴을 하기 위해서는 먼저 발굴계획을 세워야 한다. 발굴을 수행하는 발굴조사단은 유적의 성격에 알맞은 기관을 선정하고 고고학 전문가도 유적의 시대와 성격에 따라 전문 분야가 있기 때문에 전문성을 살려 조사단을 구성한다. 발굴은 야외에서 이루어지는 작업이기 때문에 야외작업이 어려운 혹한기, 혹서기, 우기 등을 피해 유적에서 최대한의 정보를 얻을 수 있도록 충분한 기간을 두고 이루어져야 한다.
발굴경비는 유적의 규모와 발굴기간에 따라 차이가 많고 유적의 성격이나 발굴방법이 다르면 발굴경비도 다르게 된다.지표조사나 시굴조사에서 나타난 유적의 규모와 성격이 실제 발굴과정에서 더 확대되거나 축소될 수 있기 때문에 발굴 진행 과정에서 발굴기간이나 경비에 변동이 생기는 경우가 많고 또한 발굴결과에 따라 중요한 유적을 이전·복원해야할 필요가 생기는 경우 예상외의 경비가 발생할 수도 있다. 유적의 성격에 따라 발굴방법이 다르고 동원되는 인력도 다르다. 고고학자들은 가장 효과적으로 유적·유물을 확인하는 방법을 연구해 오고 있는데 지금까지 이용된 방법 가운데 다음의 세 가지가 가장 일반적으로 쓰이는 방법이다.
ㆍ긴 구덩을 만들어 발굴하는 트렌치 조사
   이 방법은 유적을 가로지르는 긴 구덩을 만들어 조사하는 것으로 유적이 넓게 분포하는 경우에 많이 사용
   된다.

ㆍ바둑판식으로 발굴 구덩이를 만들어 조사하는 방법
   이것은 유적이 조밀하게 분포하고 있는 곳에 알맞은 방법으로 대표적으로 패총 유적을 들 수 있다.

ㆍ사분법 또는 팔분법
   고분을 발굴할 때에 많이 사용하는 방법으로 유적의 지층을 세밀하게 확인하면서 발굴할 수 있는 이점이
   있다.

어느 방법을 이용하더라도 발굴에서 기록해야할 중요한 사항은 층위확인이다. 지표로부터 지중으로 발굴이 진전됨에 따라, 다양한 토층이 발견된다. 그 가운데 고고자료가 포함된 토층을 특히<문화층> 또는 <유물포함층>이라 부르며 지질학적인 지층과는 구별한다. 이러한 층위확인은 발굴기록의 기본이다. 발굴과정에서는 발굴현장에서 일어나는 모든 일을 현장조사일지에 기록하게 되고, 발굴 유물들을 하나 하나 도면화하여 실측도면을 작성한다. 발굴의 전 과정을 사진으로 기록해 두면 유물이 드러나는 과정과 놓인 상태로 유적의 성격을 이해하는데 중요한 자료로 이용할 수 있다.
발굴 현장에서 유물들이 온전한 형태로 나오지 않고 깨지거나 부서진 상태로 나오는 경우도 많아 연대측정, 물리분석 등 과학기자재를 써서 분석해야 할 것들도 있다. 따라서 발굴이 끝나면 실험실로 옮겨 분석 작업을 계속 진행하게 된다. 보통 현장 발굴이 한달 걸리면 실험실에서는 6개월 정도의 기간이 필요하게 된다.